Já existe muito tempo que se tenta compreender as fobias, desde a altura de Freud o psicanalista que tentou explicar as fobias, seguindo-se o behaviorista J.B. Wayson e o condicionamento clássico de Pavlov, que remonta ao famoso estudo “Little Albert” relatado por Watson & Rayner em 1920. Albert era um bebê de 11 meses de idade, e Watson & Rayner tentou condicionar nele um medo de seu rato branco de estimação. 
Eles colocaram uma barra de ferro a fazer um barulho altamente assustador, para que este evento de medo induzido assustasse o pequeno. Depois deste estudo altamente anti-ético, o bebé sempre que via o rato a entrar na sala chorava. Provavelmente não é o caso de todas as fobias resultarem de episódios de condicionamento traumático, mas há fortes evidências de que as experiências de condicionamento traumático são responsáveis pela aquisição de muitas fobias, como a fobia de ir ao dentista, fobia a palhaços, o medo das alturas, medo de elevadores, e a maioria das fobias de animais (cães, baratas, ratos).
O fato de que as fobias tendem a se concentrar em um conjunto limitado de medos que têm significado evolutivo levou alguns pesquisadores a sugerir que podemos ser biologicamente pré-condicionados para adquirir certas fobias.
Em 1971, Martin Seligman refere que temos um sistema biológico que nos ensina que somos predispostos biológicamente a temer o perigo, como cobras, aranhas, alturas e água, porque elas ameaçavam a vida de nossos ancestrais. Nossos antepassados, que desenvolveram uma predisposição biológica para temer esse tipo de estímulo, teriam maior probabilidade de sobreviver e de passar essa predisposição do medo para as futuras gerações.
Estes relatos até podem ter a sua validade mas temos de ser coerentes e cautelosos e aceitá-los com base em evidências existentes. Não temos como saber que uma fobia a alturas poderá ser originária de origem biológica ancestral.
Não podemos ficar reduzidos a uma só visão. Vários tipos de fobias podem ter sua origem em vários processos diferentes.
Não há razão pela qual a aquisição de todas as fobias deva ser explicada por um único processo – e as evidências agora estão se acumulando para sugerir que tipos diferentes de fobias são adquiridos de maneiras bem diferentes. Muitas das fobias são causadas por experiências de condicionamento traumático e crenças negativas. Muitas outras fobias comuns não parecem ser caracterizadas por uma experiência traumática desde o início – na verdade, os pacientes muitas vezes não conseguem lembrar o início exato de uma fobia e permanecem a nível do inconsciente, o que sugere que ela pode ser gradual e precipitada por fatores que não são imediatamente óbvios.